專用發票除具有普通發票的功能與作用外，還是納稅人計算應納稅額的重要憑證，與普通發票相比，它有以下區別：
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專用發票只限于一般納稅人之間從事生產經營增值稅應稅項目使用；而普通發票則可以用于所有納稅人的所有經營活動，當然也包括一般納稅人生產經營增值稅應稅項目。
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普通發票只是一種商事憑證，而專用發票不僅是一種商事憑證，還是一種扣稅憑證。
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專用發票不但要包括普通發票所記載的內容，而且還要記錄購銷雙方的稅務登記號、地址、電話、銀行帳戶和稅額等。
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專用發票不僅要有普通發票的聯次，而且還要有扣稅聯。
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普通發票反映的價格是含稅價，稅款與價格不分離；專用發票反映的是不含稅價，稅款與價格分開填列。
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專用發票只限于一般納稅人之間從事生產經營增值稅應稅項目使用；而普通發票則可以用于所有納稅人的所有經營活動，當然也包括一般納稅人生產經營增值稅應稅項目。
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普通發票只是一種商事憑證，而專用發票不僅是一種商事憑證，還是一種扣稅憑證。
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